Die 1715 fertiggestellte Kirche ist die erste Backsteinkirche Kölns. Sie wurde im Stil des niederländischen Barocks erbaut und ist – dies ist der Gnadenkapelle und der engen Bebauung der Kölner Innenstadt geschuldet – untypisch mit dem Chor nach Süden ausgerichtet. Nach der Zerstörung im 2. Weltkrieg wurde sie aufwendig im alten Stil wiederaufgebaut. Ausnahme hierbei sind die ursprünglich bemalten Fenster der Vorkriegszeit, die beim Wiederaufbau der Kirche durch unbemalte Fenster ersetzt wurden und der Kirche heute einen hellen und freundlichen Charakter verleihen.
Die originale Inneneinrichtung, die bei der Zerstörung der Kirche verlorenging, wurde nach dem Krieg durch den Ankauf und durch Leihgaben im barocken Stil ergänzt, die mit großer Sorgfalt und Kunstverstand aufeinander abgestimmt sind.
Der Hochaltar der Kirche ist ein barocker Prachtaufbau, der sich in Pyramidenform nach oben verjüngt. Geschnitzt vom Bildhauer Johann Franz von Helmont, dessen Werke uns noch häufiger im Kirchenraum begegnen, zeigt der Altar im unteren und größten Teil des Aufbaus die Machabäermutter Salome und ihre sieben Söhne, die alle samt den Märtyrertod starben. Darüber, abgesetzt und mittig über der Machabäerszene stehend, den hl. Benedikt, ein Buch mit den Ordensregeln in der einen und einen Kelch mit Schlange in der anderen Hand. Oben als Bekrönung des Altares trohnt Gottvater mit Weltkugel und Engeln. Das Thema des Altars – also der Verweis auf Benedikt und die Machabäer – erklärt sich damit, dass der Hochaltar ursprünglich im Benediktinerkloster zu den hl. Machabäern gestanden hat. Zur Zeit der Säkularisierung wurde dieses Kloster jedoch aufgelöst. So kam der Altar von 1808 bis nach dem Zweiten Weltkrieg nach St. Andreas und von dort – nach dem Wiederaufbau unserer Kirche – nach St. Maria in der Kupfergasse. Hier fügt er sich – als sei er für diese Kirche geschnitzt worden – perfekt in den Altarraum ein.
Auf der linken Seite im Altarraum befindet sich eine Marien-Ikone, die von Kardinal Joachim Meisner der Kirche gestiftet wurde.
Auch die Kommunionbank (ursprünglich auch aus der Kirche des ehemaligen Benediktinerklosters in der Machabäerstraße) stammt aus den Händen von Johann Franz von Helmont und fand ebenfalls über St. Andreas den Weg in unsere Kirche.
Die Kanzel der Kirche im Rokokostil stammt aus dem 18. Jahrhundert. Der Schalldeckel – das Dach – der Kanzel zeigt oberhalb Engel mit Gesetzestafeln/ den Zehn Geboten und an seiner Unterseite das allsehende Auge Gottes von einem Strahlenkranz umgeben. Unterhalb der Kanzel befindet sich die Darstellung von Jonas im Maul des Walfisches. Ursprünglich aus der Kapelle des Hospizes St. Margaretha kam auch sie über St. Andreas hierher. In St. Maria in der Kupfergasse wird die Kanzel noch regelmäßig für Predigten genutzt.
Auf der linken Seite des Kirchenraums steht in einer Nische mittig die „Thronende Madonna“. Sie ist eine Leihgabe und wurde 1892 vom Kempener Künstler Franz Xaver Hellner aus versilbertem Kupfer gefertigt. Sie befindet sich im Besitz der Marianischen Männerkongregation Köln.
Der Beichtstuhl auf der linken Seite des Kirchenschiffs stammt aus der Barockzeit. Er stand ursprünglich in der im Krieg zerstörten Kirche St. Kolumba und wurde auch von Johann Franz von Helmont angefertigt. Es zeigt mittig auf dem oberen Rand eine Kartusche mit der geschnitzten Darstellung des guten Hirten.
Die Orgel von Romanus Seifert, gefertigt 1967 in Kevelaer, besitzt heute nach einer Erweiterung 40 Register und drei Manuale. Das Orgelgehäuse hat einen barocken Prospekt, der im Stil der Arbeit von J.H. von Helmont angepasst wurde, damit die Orgel sich in das Gesamtbild der Kirche einfügt und wird von zwei Engeln gekrönt, aus der tatsächlichen Hand von Helmonts. Die Orgelempore thront direkt über der Gnadenkapelle mit der Schwarzen Mutter Gottes.
